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起习惯性流产的病因复杂，临床上竟有43种疾病最终可导致习惯性流产的发生，有免疫性因素、遗传性因素、感染性因素、内分泌性因素、解剖因素等，而其中免疫性因素导致的流产占习惯性流产的67%之多，解剖因素占14%、 内分泌因素11%、遗传因素占5%、其它因素占3%。近来针对很多女性不清楚发生习惯性流产的原因。
一、习惯性流产的诊断
1.一般性诊断：包括病史询问，体检及盆腔检查时应注意子宫大小、位置，附件情况，基础体温测定，宫内膜检查，子宫输卵管造影。
2.特殊检查：对疑有遗传性疾病者，夫妇双方均应做染色体核型检查，或进一步做夫妇的家系遗传学调查和系谱绘制。
3.免疫学检查：首先应用混合淋巴细胞培养反应 (MLR) 及淋巴细胞毒性抗体测定，鉴别原发性与继发性流产;抗精子抗体的测定;血型及抗血型抗体测定。
二、染色体异常导致习惯性流产
指夫妻双方或一方或胚胎染色体异常所致的流产。是习惯性流产必须的检查项目，若能获取流产的胚胎还需对胚胎进行染色体的检查。因为某些胚胎染色体异常其父母的染色体可能正常。
三、生殖道解剖异常导致习惯性流产
包括子宫先天发育异常和后天子宫疾病所致的子宫异常，例如纵膈子宫，单角子宫，多次人工流产或宫腔感染所致的宫腔粘连，子宫粘膜下肌肉，子宫内膜息肉，宫颈口松弛等。若为不全纵膈需根据纵膈大小及其对宫腔的影响选择手术治疗，对宫腔粘连者可行粘连分解术，子宫粘膜下肌瘤及息肉应摘除之。
四、内分泌功能失调导致习惯性流产
常见的有黄体功能不足，高泌乳素血症，此类不孕病因的流产需在孕前诊断及针对性地治疗后方受孕为好，一经确诊妊娠后继续给予黄体支持直至孕三月。
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